Cryo-EM 常见问题及解决方法【可以提问，请勿灌水，谢谢！】
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-7-9 22:06 编辑1. 如何把.mrc 文件转化为.mtz文件？ 答：命令phenix.map_to_structure_factors
2. 有没有程序可以refine model的local b factor？ 答：refmac
3. 一个是extract出来的raw particle，另外一个数目少的是经过多轮处理之后的好的particle，为什么即使是多轮处理之后好的particle数目少了几乎一半，同时增加gpu数目（2 to 4），其他参数都不变的情况下，relion算得反而更费时间了，iteration 1 从2.5小时增加到24小时？做的是3D classification，relion2.0。答：这里面牵扯到一个adaptive sampling的机制，dataset越好，这个机制越有效，也就是说这个时间上的增加可以理解。时间从2.5h到24h增加了近10倍也是合理的。
4. K2收集了3838*3710的照片，用sum的照片筛选完了颗粒，最后motioncorr2之后crop成3638*3510的照片了，需要重新做CTF么？
答：通常的globalCTF 不用。除非tilt或local CTF需要重新算，但也可以用脚本简单转换，不用真的去算一遍。ctffind提供的有window评估ctf 就是从一个原始图里面截出一块估计ctf，可以排除边缘冰或者碳膜影响，之前算过了和现在的基本差不多。也就是说ctf值，基于原始的3838*3710的照片算出来的就行了，后面crop出来的照片也用这个ctf值没有问题。
5. Pymol 问题：Pymol中设置旋转的命令是什么？答：turn x，90
6. 负染样品在DE上收的图片，在用DE imaging 过程中，做了dark和gain reference，在serialEM 的final image的contrast 非常好，但是拷回来的数据发现contrast很弱，是什么原因？ 答：目前没有答案。大家的建议是做下去，因为负染的分辨率也不会很高。
7. 负染的gain 怎么做，要找没有碳膜的地方么？答：都是在空白的地方做的～～
8.怎么合并pixel size？ 答：chimera有个resample的功能 把map1 ongrid到 map2， 命令是：Vop resample #1 onGrid #2。
9. Lacey carbon film有什么注意事项？比如上样浓度 blotting time等等 和Quanfoil有什么区别？答：样品浓度不需要那么高，可溶蛋白一般0.2mg/ml左右就可以了。blot时间要长一些，清华这里vitrobot一般用nlot0 blot time8.5s 但具体参数还需要根据实际仪器有所调整。同一个lacy carbon film的网孔尺寸好像彼此都不一样。有文献报道过，冰要比cflat薄些，但是不知道收数据的时候如何定点。
10. Lacy carbon vitrobot 如何定点？【等待回答】
11.有从两批数据处理得到同一个蛋白的map，在coot里打开的时候发现两个map之间坐标有一些shift，怎么能把它重叠在一起呢？ 答：Coot打开的时候，读取的是map文件头里的origin_x,y,z选项。应该修改这个参数，而不应该使用vop命令对密度图做操作~https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/Personal/pemsley/coot/web/docs/coot.html#Map-Transformation
12. 请问大家做gctf的时候会遇到ctfFigureofmerit这一列数据出现异常值么，大概是什么原因？ 同一套数据，重新做一次，什么参数都没有改，倒数第二列的ctfFigureofmerit结果又正常了。数值异常的时候CTF图像就是一片黑。答：在gpu work station上如果同时还在跑着其他的大的gpu进程就会这样，关键是不报错。gctf没显存用的时候不会报错，但算得不正常。gautomatch也有类似问题，反正很快，把其他进程停了就好。 是因为程序运行的时候没有检查内存。13. 用SerialEM时无法连接K2 DM软件，怎么解决？DM能正常使用但SerialEM无法探测到。 答：注销一次就好，不用重启…… 把SerialEM（电脑A）和电镜软件（电脑B）的网络连接断开了 然后重新接上 问题就解决了。就是要开一个通信器，让serialEM和电镜peoui相互talk，把它们之间网络通信disabled之后重新启用 问题就解决了...
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-7-9 22:30 编辑
可以下面留言提问，然后我再归纳总结到上面楼层里面～～
但是请不要说与提问无关的～～
还有：以上的所有问题和解决方法都来自于Bio3DEM群，此帖子是由记录整理的团队一起整理完成～～
页:
[1]