Ming 发表于 2017-7-10 22:01:07

文献动态 - GeRELION

GeRELION是由哈佛大学 Maofu Liaoo老师和 国防科技啊大学的 Dongsheng Li老师联合开发的GPU-加速版本RELION最近两位老师又合作添加了Dynamic Signal Subtration 功能在GeRELION中。


GeRelion "GeRelion is a GPU-enhanced version of RELION, dramatically speeding up 2D/3D classification and 3D auto-refinement. GeRelion can be compiled to run in either single precision or double precision.GeRelion uses GPU to speed up both expectation and maximization."


GeRelion下载 https://github.com/gpu-pdl-nudt/GeRelion
GeRelion文献 http://biorxiv.org/content/early/2016/09/19/075887
GeRellion Dynamic Signal Subtraction 最新应用https://www.nature.com/nature/journal/vaap/ncurrent/full/nature23314.html




Jack_Zhang 发表于 2017-7-10 23:09:00

谢谢分享，非常棒！

Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:11:31

本帖最后由 Ming_BioEM 于 2017-7-10 23:13 编辑

Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:17:09

Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:23:08

本帖最后由 Ming_BioEM 于 2017-7-10 23:25 编辑

为什么回复都显示不出来:'(
是不是回复一个字符不能是输入的表情啊。。。

Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:24:08

赞！想请教不知道GeRlion和现在的Relion2.0有哪些方面是不同？

Zheng_Liu 发表于 2017-7-11 00:28:42

Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:24
赞！想请教不知道GeRlion和现在的Relion2.0有哪些方面是不同？

好问题。
不知道谁有做个这个方面的比较。

Ming 发表于 2017-7-11 00:46:17

Zheng_Liu 发表于 2017-7-11 00:28
好问题。
不知道谁有做个这个方面的比较。

据我所知，GeRelion 是基于relion1.3 version, 在expectation - maximization步骤做了gpu加速。然后这个月的github 更新，添加了dynamic signal subtraction的功能。 所以，基本的原理是和relion1.3类似，但是运行速度会高于1.3 。
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