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Cryo-EM/ET image processing forum

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发表于 2017-6-6 17:42:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
Here we discuss anything related to image processing in cryo-EM/ET.

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发表于 2017-6-30 03:29:24 | 显示全部楼层
有没有大概的Cryo-ET数据处理的flow chart可以给大家参考的?
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发表于 2017-7-2 23:22:50 | 显示全部楼层
zyu 发表于 2017-6-30 03:29
有没有大概的Cryo-ET数据处理的flow chart可以给大家参考的?

现在网上有现成的数据,和workflow么? 或者relion 应该也会很快推出Tomo的数据处理了?
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发表于 2017-7-5 00:49:58 | 显示全部楼层
能否提供一下EMbuilder的软件?
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发表于 2017-7-7 12:18:35 | 显示全部楼层
https://github.com/NiyunZhou/EMBuilder

The paper by Zhou Niyun et al. describing the software for automatic model building and voxel refinement: https://www.nature.com/articles/s41598-017-02725-w

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发表于 2017-7-10 23:35:16 | 显示全部楼层
楼主大神,我刚做电镜不久,能请教你一个问题吗,在你最新的cell paper里,在处理冷冻数据的时候为什么选择在做过phase flipped的micrograph上pick particle呢?后续的data processing是不是都是在phase flipped的micrograph基础上完成的?

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 楼主| 发表于 2017-7-11 01:47:52 | 显示全部楼层
Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:35
楼主大神,我刚做电镜不久,能请教你一个问题吗,在你最新的cell paper里,在处理冷冻数据的时候为什么选择 ...

因为template用的是CTF矫正过的2D,不做phase flip 30埃以上的信息全部都是错的,对挑颗粒完全没有用。做了phase flip之后就可以把分辨率用的更高了,比方10-12埃。但不建议用的更高,否则bias太严重,很可能挑出假颗粒出来。后续的data processing 如果是用Relion程序,则不用在phase flipped micrograph上进行,还是用原来的;当然你也可以用phase flipped micrograph,这样就相当于做过相位矫正了,可以使用更小的box extract particle,后续Relion中CTF 选项“are the particles phase flipped”选yes就行。

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发表于 2017-7-11 13:10:07 | 显示全部楼层
Jack_Zhang 发表于 2017-7-11 01:47
因为template用的是CTF矫正过的2D,不做phase flip 30埃以上的信息全部都是错的,对挑颗粒完全没有用。做 ...

那如果我是从raw micrograph里manual pick了2K多个particle,然后在relion里做2D作为autopick的template,这个2D的结果也是CTF矫正过的,但是分辨率只有20埃,在用Gautomatch的时候,micrograph需要lowpass到temple一样的分辨率吗(--lp 20)?raw micrograph需要phase flip处理吗?还是将template做lowpass到30埃以下在raw micrograph里automatch?
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发表于 2017-7-11 17:15:26 | 显示全部楼层
Ming_BioEM 发表于 2017-7-11 13:10
那如果我是从raw micrograph里manual pick了2K多个particle,然后在relion里做2D作为autopick的template ...

你不需要对raw micrograph做low-pass,Gautomatch里面的 --lp选项 设一个合理的值它会自己做。如果只用到20~30埃,可以不用对micrograph做phase flip。Template用2D出来的结果就可以,最好是有3D,然后用3D做一个projection得到2D。EMAN里面有个程序project3d可以做,非常方便,而且角度可以自己定义,project3d  refined3d.mrc  out=projection.hed   prop=15。然后挑几个最不像的做template,重复的就不要给了。

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发表于 2017-7-12 13:40:17 | 显示全部楼层
admincryoem 发表于 2017-7-11 17:15
你不需要对raw micrograph做low-pass,Gautomatch里面的 --lp选项 设一个合理的值它会自己做。如果只用到 ...

好的,谢谢大神这么详细的解释
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