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Ming_BioEM 发表于 2017-7-11 13:10
那如果我是从raw micrograph里manual pick了2K多个particle，然后在relion里做2D作为autopick的template ...

你不需要对raw micrograph做low-pass，Gautomatch里面的 --lp选项 设一个合理的值它会自己做。如果只用到20~30埃，可以不用对micrograph做phase flip。Template用2D出来的结果就可以，最好是有3D，然后用3D做一个projection得到2D。EMAN里面有个程序project3d可以做，非常方便，而且角度可以自己定义，project3d  refined3d.mrc  out=projection.hed   prop=15。然后挑几个最不像的做template，重复的就不要给了。