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Cryo-EM 常见问题及解决方法【可以提问,请勿灌水,谢谢!】

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发表于 2017-6-12 14:08:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-7-9 22:06 编辑

1. 如何把.mrc 文件转化为.mtz文件?   
答:命令phenix.map_to_structure_factors

2. 有没有程序可以refine model的local b factor?
答:refmac

3. 一个是extract出来的raw particle,另外一个数目少的是经过多轮处理之后的好的particle,为什么即使是多轮处理之后好的particle数目少了几乎一半,同时增加gpu数目(2 to 4),其他参数都不变的情况下,relion算得反而更费时间了,iteration 1 从2.5小时增加到24小时?做的是3D classification,relion2.0。
答:这里面牵扯到一个adaptive sampling的机制,dataset越好,这个机制越有效,也就是说这个时间上的增加可以理解。时间从2.5h到24h增加了近10倍也是合理的。

4. K2收集了3838*3710的照片,用sum的照片筛选完了颗粒,最后motioncorr2之后crop成3638*3510的照片了,需要重新做CTF么?

答:通常的global  CTF 不用。除非tilt或local CTF需要重新算,但也可以用脚本简单转换,不用真的去算一遍。ctffind提供的有window评估ctf 就是从一个原始图里面截出一块估计ctf,可以排除边缘冰或者碳膜影响,之前算过了和现在的基本差不多。也就是说ctf值,基于原始的3838*3710的照片算出来的就行了,后面crop出来的照片也用这个ctf值没有问题。

5. Pymol 问题:Pymol中设置旋转的命令是什么?
答:turn x,90

6. 负染样品在DE上收的图片,在用DE imaging 过程中,做了dark和gain reference,在serialEM 的final image的contrast 非常好,但是拷回来的数据发现contrast很弱,是什么原因?
答:目前没有答案。大家的建议是做下去,因为负染的分辨率也不会很高。

7. 负染的gain 怎么做,要找没有碳膜的地方么?
答:都是在空白的地方做的~~

8.  怎么合并pixel size?
答:chimera有个resample的功能 把map1 ongrid到 map2, 命令是:Vop resample #1 onGrid #2。

9. Lacey carbon film有什么注意事项?比如上样浓度 blotting time等等 和Quanfoil有什么区别?
答:样品浓度不需要那么高,可溶蛋白一般0.2mg/ml左右就可以了。blot时间要长一些,清华这里vitrobot一般用nlot0 blot time8.5s 但具体参数还需要根据实际仪器有所调整。同一个lacy carbon film的网孔尺寸好像彼此都不一样。有文献报道过,冰要比cflat薄些,但是不知道收数据的时候如何定点。

10. Lacy carbon vitrobot 如何定点?
【等待回答】

11.有从两批数据处理得到同一个蛋白的map,在coot里打开的时候发现两个map之间坐标有一些shift,怎么能把它重叠在一起呢?
答:Coot打开的时候,读取的是map文件头里的origin_x,y,z选项。应该修改这个参数,而不应该使用vop命令对密度图做操作~

12.   请问大家做gctf的时候会遇到ctfFigureofmerit这一列数据出现异常值么,大概是什么原因? 同一套数据,重新做一次,什么参数都没有改,倒数第二列的ctfFigureofmerit结果又正常了。数值异常的时候CTF图像就是一片黑。
答:在gpu work station上如果同时还在跑着其他的大的gpu进程就会这样,关键是不报错。gctf没显存用的时候不会报错,但算得不正常。gautomatch也有类似问题,反正很快,把其他进程停了就好。 是因为程序运行的时候没有检查内存。
13. 用SerialEM时无法连接K2 DM软件,怎么解决?DM能正常使用但SerialEM无法探测到。
答:注销一次就好,不用重启…… 把SerialEM(电脑A)和电镜软件(电脑B)的网络连接断开了 然后重新接上 问题就解决了。就是要开一个通信器,让serialEM和电镜peoui相互talk,把它们之间网络通信disabled之后重新启用 问题就解决了...




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 楼主| 发表于 2017-7-4 10:07:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-7-9 22:30 编辑

可以下面留言提问,然后我再归纳总结到上面楼层里面~~
但是请不要说与提问无关的~~

还有:以上的所有问题和解决方法都来自于Bio3DEM群,此帖子是由记录整理的团队一起整理完成~~

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