manual particle picking in relion1.3

xmq234 · 发表于 2017-8-5 10:27:06

各位好，本人刚开始转入电镜领域，现在在用relion1.3和relion-2.0练习。在用relion－1.3做完manual picking后再做particl extract 时出现错误。意思是XXX_manual.star文件不存在。可是在文件夹Micrograph里是存在的，不知道是什么原因。请各位帮忙解答下，不胜感激。

Zheng_Liu · 发表于 2017-8-5 13:10:06

每个micrograph 对于一个坐标的star file。你的情况是这样的吗？必须要一一对应的。

xmq234 · 发表于 2017-8-5 16:32:34

我是这样做的：在inspection里 input放入_ctf.star.然后 outputSTAR file是_manual.star 。picking rootname:manualpick 然后点run就出现了所以有的数据。选取了 particle。然后右击save coordination。按照protocol选取了在前几张里大概>1000个particles。再做extraction.设置是micrograph STAR还是ctf_star 然后coordinat-file suffix是_manual.star，然后extact rootname 是manual。请问我的操作是正确的吗?

Zheng_Liu · 发表于 2017-8-5 22:51:22

抱歉，我忘记了具体细节。
我也很少这么做。你去对应的文件夹看看是否有对应的star 文件给每个mrc的micrograph.
或者吧错误信息贴出来看看。

Jack_Zhang · 发表于 2017-8-6 18:15:34

本帖最后由 Jack_Zhang 于 2017-8-6 18:16 编辑

看你的描述应该没有什么问题，我们都是这么做的。

Jack_Zhang · 发表于 2017-8-6 18:16:23

xmq234 发表于 2017-8-5 16:32
我是这样做的：在inspection里 input放入_ctf.star.然后 outputSTAR file是_manual.star 。picking rootnam ...

看你的描述应该没有什么问题，我们都是这么做的。能不能截一下图？方便看看那些细节可能出了问题。
另外，你可以试试Gautomatch，1-2秒一张照片。
http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gautomatch/

xmq234 · 发表于 2017-8-7 10:44:00

Zheng_Liu · 发表于 2017-8-7 11:03:12

从你的截图来看。你只框了3个micrograph.
后面的没有框的，就说不存在。
推荐用张凯的Gautomatch。不错的一个软件。不要手动框了。

xmq234 · 发表于 2017-8-8 16:18:32

好的，十分感谢。能否分享下你们在做重构的时候一般习惯的步骤是什么啊，我们这边没有人在做这块的。

Zheng_Liu · 发表于 2017-8-9 22:21:43

我现在是用的是各种各样的软件。没有一standard的workflow。你先按照relion 的manual来过一遍。
有问题，再见招拆招吧。

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