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manual particle picking in relion1.3

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发表于 2017-8-5 10:27:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位好,本人刚开始转入电镜领域,现在在用relion1.3和relion-2.0练习。在用relion-1.3做完manual picking后再做particl extract 时出现错误。意思是XXX_manual.star文件不存在。可是在文件夹Micrograph里是存在的,不知道是什么原因。请各位帮忙解答下,不胜感激。
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发表于 2017-8-5 13:10:06 | 显示全部楼层
每个micrograph  对于一个坐标的star file。 你的情况是这样的吗?必须要一一对应的。
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 楼主| 发表于 2017-8-5 16:32:34 | 显示全部楼层
我是这样做的:在inspection里 input放入_ctf.star.然后 outputSTAR file是_manual.star 。picking rootname:manualpick 然后点run就出现了所以有的数据。选 取了 particle。然后右击save coordination。按照protocol选取了在前几张里大概>1000个particles。 再做extraction.设置是micrograph STAR还是ctf_star  然后coordinat-file suffix是_manual.star,然后extact rootname 是manual。请问我的操作是正确的吗?
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发表于 2017-8-5 22:51:22 | 显示全部楼层
抱歉,我忘记了具体细节。
我也很少这么做。你去对应的文件夹看看是否有对应的star 文件给每个mrc的micrograph.
或者吧错误信息贴出来看看。
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发表于 2017-8-6 18:15:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 Jack_Zhang 于 2017-8-6 18:16 编辑

看你的描述应该没有什么问题,我们都是这么做的。
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发表于 2017-8-6 18:16:23 | 显示全部楼层
xmq234 发表于 2017-8-5 16:32
我是这样做的:在inspection里 input放入_ctf.star.然后 outputSTAR file是_manual.star 。picking rootnam ...

看你的描述应该没有什么问题,我们都是这么做的。能不能截一下图?方便看看那些细节可能出了问题。
另外,你可以试试Gautomatch,1-2秒一张照片。
http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gautomatch/
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 楼主| 发表于 2017-8-7 10:44:00 | 显示全部楼层

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发表于 2017-8-7 11:03:12 | 显示全部楼层
从你的截图来看。你只框了3个micrograph.
后面的没有框的,就说不存在。
推荐用张凯的Gautomatch。 不错的一个软件。不要手动框了。
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 楼主| 发表于 2017-8-8 16:18:32 | 显示全部楼层
好的,十分感谢。能否分享下你们在做重构的时候一般习惯的步骤是什么啊,我们这边没有人在做这块的。
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发表于 2017-8-9 22:21:43 | 显示全部楼层
我现在是用的是各种各样的软件。没有一standard的workflow。你先按照relion 的manual来过一遍。
有问题,再见招拆招吧。
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