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Re-center the domain

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发表于 2017-8-11 20:30:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zzh8084 于 2017-8-11 20:43 编辑

问:大家好,请教一个关于re-center和re-extract的问题,如何把complex中要计算的部分certer出来,star_recenter_tailXY.com脚本里的tail_center.txt是如何得到的,还有没有其他的方法center the domain呐?谢谢

答:star_recenter_tailXY.com这个脚本是在2D class average上面做的,需要手动把classification sub-classification的目标密度标记出来。
选中目标2D average,用star_extract_class.com脚本把每一个class 对于的particle的star文件(文件 A) 和class average文件抽出来。用star_stack_create.com把class  average 的star文件生成2D mrc stack. 把MRC stack 用imod 打开,点每一个2D的目标密度中心,一个2D对于一个坐标 (X, Y)。假如选出了50个,就把这50个2D的中心写成两列,第一列X,第二列Y,共计50行的中心坐标文件(文件B),必须按先后顺序对应。然后对文件A 和B运行脚本star_recenter_tailXY.com。 得到两批文件,一批为recentered particle stack,文件后缀为 _${suffix}.mrcs (文件C);另一批为particle star文件(文件D),和文件C按前缀一一对应。最后你可能得稍微对C进行操作,把它clip成新的box 大小。可以直接在脚本上加一行就行,用imod 中的clip resize功能,挺好用。
对重构后的3D,这个脚本不行。得用http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/re_extract_local.com
这个里面调用的几个程序,有的是Relion的,有的是我自己写的,我都放在这里了http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/  你找找应该都有,如果没有及时联系

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 楼主| 发表于 2017-8-12 00:03:39 | 显示全部楼层
您说的class average文件指的是什么文件,是每个组的particle_data.star文件吗?"用star_stack_create.com把class  average 的star文件生成2D mrc stack."这里的class  average 的star文件是?
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发表于 2017-8-14 17:17:06 | 显示全部楼层
能否分享下群号是多少啊,想入群……………………
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 楼主| 发表于 2017-8-15 16:18:47 | 显示全部楼层
xmq234 发表于 2017-8-14 17:17
能否分享下群号是多少啊,想入群……………………

500人群,早就满了,您关注论坛吧,志愿者们会及时把群里有用的讨论信息发到论坛的
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发表于 2017-8-17 02:33:51 | 显示全部楼层
xmq234 发表于 2017-8-14 17:17
能否分享下群号是多少啊,想入群……………………

我们最近刚建了一个cryo-EM技术方法2群,只接受邀请入群。如果需要入群,请加我微信,并注明 姓名+机构+大致研究方向。http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
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