Bio3DEM

 找回密码
 立即注册
搜索
热搜: 活动 交友 discuz
查看: 3061|回复: 4

Gautomatch 使用问答

[复制链接]

14

主题

46

帖子

842

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
842
发表于 2017-8-17 03:37:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
用5.3 版本 挑gold grid上的particle 结果都没挑出来。。。 apix cutoff lp我就设了这几个
也试了pre lp 8, pre hp 800
先要import *_automatch.star 然后manualpick里面设定显示参数,lp大概15左右,然后再回到finished task用右边的display,就可以在relion2.0上显示
背景影响较大
一般要来回调节lp
建议把几个diagnosis文件输出来,用imod打开,然后image --> Pixel view优化参数
那对于喜欢贴在hole旁边这种contrast特别高的区域的 有什么特别需要注意调节的参数嘛

加上 --mask_excluded试试
同时想办发优化一下,--laveD 和cutoff,让程序尽量把黑的地方都拒绝掉,然后用--mask_excluded干掉它,应该很有效
Cutoff我试了 0.3 0.4 lave D还没有试 用的default 那我就都试试 用imod看结果
默认虽然拒绝了(只是在坐标层次拒绝)黑块,但并没有彻底干掉,相当于从“软件”层次干掉,这些区域对最后的参数计算仍然影响很大,加上--mask_excluded就相当于从“物理层次”彻底干掉,这样就影响小很多
--mask_excluded                Specify this option to mask out the excluded coordinates so that it will nerve be taken into account in any step of processing, even not in the normalization step.
                                     This is helpful if the artifacts are extremely different from normal area of the micrographs.


就是自己generate 一个mask嘛?不去除的话 Normalization part太受影响。
会有挺大影响,建议把不同碳膜或金膜的照片分开处理,最后合并
这一块还是没有完全优化好,这种情况估计颗粒的cutoff必须特别低
所以是要低cutoff?在试反了。。回去再看看


gautomatch里面有一个关于图片uneven size方面比较隐晦的bug,如果不注意可能导致完全不work或效果极差,调参数也没有用。
目前只能自己把图片大小clip或pad成8的倍数。不止一个人反应过这个问题,尤其是对未经clip的K2数据(3710x3838)默认可能是致命的,建议clip成3704X3704,或者normalize之后再pad成3840X3840 (张凯2017/7/30)


另外,如果发现异常应该优先考虑输出诊断文件,比如--write_ccmax_mic   --write_lsigma_mic  --write_bg_mic  --write_mic_mask,看看是否正常。然后用imod打开,Image --> Pixel view看看几个文件是否正常, 正常指范围均在-1 到1之间(可以超过1),如果不正常那就表明不是简单的参数优化问题,而是有其它更重要的致命问题。如果数值范围正常,可以用鼠标点一些真的peak和假的peak,选一些中间值作为初始参数估计。

以上面的case为例,打开imod  Pixel view,随便点几个peak,发现均在0.6~0.7附近浮动,所以选--cc_cutoff 0.5应该就是一个比较好的参数。(图片见2楼)


@Mention All
Gautomatch 长方形或奇数像素图像导致的一些bug已解决。
http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gautomatch/Gautomatch_v0.56/
有问题及时反馈

评分

参与人数 1威望 +5 金钱 +20 贡献 +20 收起 理由
Jack_Zhang + 5 + 20 + 20 赞一个!

查看全部评分

回复

使用道具 举报

14

主题

46

帖子

842

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
842
 楼主| 发表于 2017-8-17 03:38:46 | 显示全部楼层
imod 打开图

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

8

主题

32

帖子

764

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
764
发表于 2017-8-17 20:08:25 | 显示全部楼层
谢谢整理!我到时候再写一些更加详细的使用文档。
回复

使用道具 举报

14

主题

46

帖子

842

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
842
 楼主| 发表于 2017-8-17 23:16:35 | 显示全部楼层
Jack_Zhang 发表于 2017-8-17 20:08
谢谢整理!我到时候再写一些更加详细的使用文档。

这是微信上的。漏掉了很可惜。
这个Gautomatch 和Gctf 应该大大的推广。建立起你自己的声誉。
回复

使用道具 举报

8

主题

32

帖子

764

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
764
发表于 2017-8-18 01:32:31 | 显示全部楼层
Zheng_Liu 发表于 2017-8-17 23:16
这是微信上的。漏掉了很可惜。
这个Gautomatch 和Gctf 应该大大的推广。建立起你自己的声誉。
...

哈哈,也是。其实现在大多数机构的同行都在广泛使用,只不过这些都只是业余工作,一直没时间好好整理。
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|Bio3DEM  

GMT+8, 2019-6-20 23:00 , Processed in 0.117736 second(s), 17 queries , File On.

Powered by Discuz! X3.3

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表