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关于pixel size 引起的map的问题

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发表于 2017-10-12 21:37:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
  • 怎么能把不同pixel不同分辨率的refine好的density map做个normalization呢(怎么比较两个相对独立的pixel size不同的map的区别)?可以接受用个低分辨率的threshold~
      
答:Chimera 里面打开多个不同pixel size的相同结构 本来就是重合在一起的 跟pixel size没关系,可以用eman的proc3d 把其中一个map的pixel size scale成跟另一个相同。  

答:【推荐答案】不同pixel size的map本身因为pixel size的校准存在差别,有的可能有1-2%的误差,所以你问的是如何先把这种差别消除掉在比较map的不同之处?清华这面有软件可以根据pdb来校准pixel size,用同一个pdb去校准两个map的pixel,就应该可以消除这个误差。算法:https://github.com/NiyunZhou/EMBuilder by 周昵云 from 清华【The paper by Zhou Niyun et al. describing the software for automatic model building and voxel refinement: https://www.nature.com/articles/s41598-017-02725-w

追问:不同时间收的电镜数据之间会有1% pixel size的差异么?有人曾说:不同时间收的数据最好不要混在一起处理,也是pixel size差异的原因吗?有没可能不同电镜上收来的数据,比如200kev和300kev的,并且不同pixelsize的dataset怎样做normalization之后合并处理?

答:合并数据比较难吧,可以在post那步做,把unfilter的map调到一个pixel值?


答【推荐答案】:两套pixel需要以某一台电镜为标准进行校准。两台电镜各自测量容易相对误差。根据来自MRC的张凯的实测,矫正完pixel size精确度需要到小数点后四位

追加:同一台电镜,相隔几个月或者几年,你们不同时间收的电镜数据之间会有1% pixel size的差异么?
追加:精确到小数点后四位这个会差多少啊?平常用的pixel size只有两位有效数字?
追加:四位有效数字的话感觉好精确的样子,这样每次做一个结构是不是都应该用原子模型最后再标定一遍pixel size?
追加:四位有效数字主要还是在merge不同pixel size的data的时候比较重要。只是处理数据三位应该差不多了

答:今天测了一下,间隔半年收的两套数据,两个map分辨率都比较高了,按max cc算的map scale的差别是0.9965-0.997之间。也就是pixel size大概有千分之三的改变。


追问:有趣的结果,不过想更critical ,你用什么算的max cc?如果你重复算几次,每次都得到相同的CC值吗?还有就是两套map都filter到相同的分辨率了吗?如果可重复,那这千分之三是真的.

答:算cc是直接手动在chimera里面点fit in map,用二分法一个个值测的,不过测到的值挺符合抛物线,在0.9965-0.997区域cc值最高。每次fit都会点很多次,重复性挺好的。

答:如果只是纯粹计算同一个样品不同批次或不同条件下的放大倍数,CC达到千分之三一点问题都没有。这个精度乍一看精确的有点不敢相信,但实际上如果存在,误差已经非常显著了(在可估计范围)。对于300X300X300(约3千万体素)的密度图,对齐最左边,右边就已经差整整一个像素点了,对肉眼来说,这微不足道,但是作为程序去refine这个差别应该非常容易,因为程序考虑的是3千万的体素的总体效应,peak精度异常显著。 如果密度图更大,更高的精度都不在话下。

追问:两套数据的c2以及物镜电流一样么 ?两套数据的分辨率,post processing step一样么?以及,如果有千分之3的差距,意味着约每300个像素差1个像素。假设particle的boxsize是256,这1个像素的差距,如果通过max cc来算,想必事先要插值,这部分引入的误差是否也会影响cc呢?物镜电流,c2都一样的情况下,我们测试的结是detector的dqe,10的12次方的电子(约2年使用)后会变差,但放大倍数不会改变。

答:两套map的分辨率差不多,所有收集处理的流程都完全一样,物镜电流肯定是一样的,因为我是在eucentric focus下用z设置的defocus。今天只是简单测算了一下,欢迎大家提供更多的测试结果啊
小雨:这真是非常非常重要的反馈。我们在生产测试的时候,对放大倍数的标准是百分之1。如果atomic model发生了千分之5的变化就说明我们screw up了。

讨论:计算应该完全没问题,我记得当时dynactin密度图,不同条件的数据大约8埃左右的密度图做scaling,精度小数点后面3-4位都不是问题。至于同一台电镜同样的放大倍数下,什么原因导致这种差异则是另一个问题。

追问:那千分之三这个数,会不会受到插值方式的影响呢?我们在chimera里面做voxelsize的改变,背后的算法是什么呢?我在想,同一个密度图,比如说3A,滤波到8A,fit出来的pixel size一样不?

答: 千分之三差异在chimera里面用肉眼就可以看出吧。插值算法不同应该会影响,影响多大就不知道了。滤波到不同分辨率应该也会影响。改变mag的因素可以是defocus太多,z height改变,FEI engineer change global alignment等等。但是貌似前两个因素远远不能造成even 1%的差异,有熟悉光学的可以估算一下,早年间做cryoem会在样品里掺一些tmv做为标样。每张照片里都有那么一两个。










来源: 关于pixel size 引起的map的问题

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