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Cryo-EM 初学者入门书籍和视频(慢慢整理中)

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发表于 2017-6-17 13:32:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-6-29 22:43 编辑

欢迎大家提供补充:【本楼层会归纳整理后续新楼层的推荐】【类别会慢慢改进~】

书籍【仅用于学习交流,下载后请于24h内删除,禁止外传以及用于商业活动】

冷冻电镜相关书籍:
《Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies》by Joachim Frank
链接: https://pan.baidu.com/s/1i5qVDuX 密码: 2d9s

冷冻电镜基本原理书籍:
《Diffraction Physics》Third Revised Edition by John M.Cowley
链接: https://pan.baidu.com/s/1dFxPvW1 密码: 2s9f

《电子衍射物理教程》 by 王蓉
链接: https://pan.baidu.com/s/1bBS1WE 密码: idj7

《电子晶体学与图像处理》by 李方华
链接:

视频:

冷冻电子显微镜(Cryo-EM)入门 by 加州理工学院 Grant J.Jensen

Eva Nogales 的视频:


NRAMM Workshops:
链接http://nramm.nysbc.org/workshops/


CCPEM symposium:
链接:https://sas.stfc.ac.uk/vportal/


Good reviews

"A primer to single-particle cryo-electron microscopy."  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25910204
"Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21919528


Advances in Cryo-EM related books:

Cryo-EM Part A-C & Recent advances in cryo-EM (Methods in Enzymology)
链接: http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/481
           http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/482
           http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/483
           http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/579


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Jack_Zhang + 5 + 20 + 20 很给力!

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发表于 2017-6-23 23:29:17 | 显示全部楼层
Online video course

MRC Lectures:
ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/EM-course

NRAMM Workshops:
http://nramm.nysbc.org/workshops/

Good reviews
"A primer to single-particle cryo-electron microscopy."  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25910204
"Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21919528
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发表于 2017-6-27 00:26:44 | 显示全部楼层
Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy.这篇文章总结的非常详细到位,是非常好的入门材料。
不过我个人不太同意其中关于三维重构的分类。文章将三维重构分为“实空间”和“傅里叶空间”,其实从纯粹数学的抽象观点而言,在没有量纲以及没有应用前提的条件下,你根本不知道目标信号是“实空间“还是“傅里叶”空间,这只是两个对偶的空间而已,我们定义蛋白质密度图为“实空间”,这只是人为习惯而已。实际上,背投影系列(直接背投影、加权背投影、滤波背投影、卷积背投影)和傅里叶系列重构是等价的,都属于“分析型”算法,只不过是在两个对偶的空间进行处理而已。而解线性方程组的代数迭代类(ART,SIRT,SART等)则有本质不同,不能以为是在“实空间”处理,而划分为“实空间”算法。正确的划分为“分析类”和“迭代类”两大类,每一类又衍射出若干子类等等。
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发表于 2017-6-27 23:56:05 | 显示全部楼层
Jack_Zhang 发表于 2017-6-27 00:26
Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy.这篇文章总结的非常详细到位, ...

这篇文章的作者在London, 有过当面交流吗?我看过他们写了不少方法介绍,综述性的文章。
他们综述的角度,有时候与他们自己的知识背景有关系。
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发表于 2017-6-28 20:43:25 | 显示全部楼层
Zheng_Liu 发表于 2017-6-27 23:56
这篇文章的作者在London, 有过当面交流吗?我看过他们写了不少方法介绍,综述性的文章。
他们综述的角度 ...

其实这样划分对生物学家而言是没有任何问题的,这样划分看起来也挺“具体”,而且也没有必要了解那么多,具体应用的时候不过就是几个button选择一下而已。只是我觉得如果作为理解深入的原理,还有必要从更高的抽象层次来分类,这样overall的思路更加清晰。我多年前参加过他们的workshop,没有细聊过这些。
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发表于 2017-6-29 00:01:46 | 显示全部楼层
版主辛苦了,对学习电镜原理和发展历程非常有帮助,持续关注!
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发表于 2017-6-29 09:34:11 | 显示全部楼层
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发表于 2017-6-29 17:00:53 | 显示全部楼层
辛苦各位了,太棒了!
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发表于 2017-6-30 03:27:27 | 显示全部楼层
这个帖子最好能够置顶
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 楼主| 发表于 2017-6-30 11:04:11 | 显示全部楼层
zyu 发表于 2017-6-30 03:27
这个帖子最好能够置顶

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