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提问:K2相机counting及super-resolution模式的选择问题

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发表于 2017-6-30 13:46:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
在之前微信群的讨论中,张凯老师和雨辰老师都对于nyquist频率的本质问题给出了深入浅出的解答。我理解的是,现在普遍认为2/3的nyquist频率是置信的区间,翻过来就是三倍的pixelsize。
最近阅读了Grigorieff实验室对于E. coli核糖体动态结构的文献(Ensemble cryo-EM elucidates the mechanism of translation fidelity),里面提到在数据收集中,“for both datasets, the super-resolution pixel size was 0.82A on the sample",是否就是实际pixelsize为1.64?而它报道的实际分辨率最高达到了3.1A,所以基本达到了两倍的Pixelsize,可否认为当数据质量足够高时,软件可以做到区分1/2的Nyquist频率信号?
同样的问题,在收集类似ribosome这类信号足够强的数据时,counting模式和super-resolution 模式有没有太大的区别?

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发表于 2017-7-2 23:12:35 | 显示全部楼层
实际的pixel size是1.64 是对的。super-resolution mode 下K2 结合它自己的程序允许 sub-pixel 的 读出。因此3710×3838 可以读出到7420×7676。
采样定理来决定了可重建信号的分辨率(频率的倒数)至少是pixel size的2倍(采样频率的一半),这样才能避免混叠效应。

可否认为当数据质量足够高时,软件可以做到区分1/2的Nyquist频率信号
这个不能认为。如果做到了就突破了采样定理。 显然不会。
导致现在这个现象的是,K2 里面的super-resolution mode 里面的sub-pixel 的读出。其实,在你提到的case 中,数据处理中用到的是pixel size是0.82。

在收集类似ribosome这类信号足够强的数据时,counting模式和super-resolution 模式有没有太大的区别?

看你说什么区别了, super-resolution比较慢,收到的单个movie数据比较大,counting mode比较快。但同样都可以达到3点多埃,甚至2点多埃。
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发表于 2017-7-3 10:26:04 | 显示全部楼层
Zheng_Liu 发表于 2017-7-2 23:12
实际的pixel size是1.64 是对的。super-resolution mode 下K2 结合它自己的程序允许 sub-pixel 的 读出。因 ...

如此 case所言,实际pixelsize为1.64。在同样的放大倍数下,若采用counting模式进行数据收集 , 那么实际的理论分辨率上限就是1.64*3吗?
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发表于 2017-7-3 22:39:27 | 显示全部楼层
1.64 的pixel size 的counting mode, 理论分辨率就是1.64*2=3.28A。
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发表于 2017-8-3 11:14:59 | 显示全部楼层
zheshinicheng 发表于 2017-7-3 10:26
如此 case所言,实际pixelsize为1.64。在同样的放大倍数下,若采用counting模式进行数据收集 , 那么实际 ...

1.64x3 为以前所谓的可达分辨率.
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发表于 2018-5-17 02:24:26 | 显示全部楼层
1.64x3 为以前所谓的可达分辨率.
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