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文献动态 - GeRELION

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发表于 2017-7-10 22:01:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
GeRELION是由哈佛大学 Maofu Liaoo老师和 国防科技啊大学的 Dongsheng Li老师联合开发的GPU-加速版本RELION  最近两位老师又合作添加了Dynamic Signal Subtration 功能在GeRELION中。


GeRelion "GeRelion is a GPU-enhanced version of RELION, dramatically speeding up 2D/3D classification and 3D auto-refinement. GeRelion can be compiled to run in either single precision or double precision.GeRelion uses GPU to speed up both expectation and maximization."


GeRelion下载 https://github.com/gpu-pdl-nudt/GeRelion
GeRelion文献 http://biorxiv.org/content/early/2016/09/19/075887
GeRellion Dynamic Signal Subtraction 最新应用  https://www.nature.com/nature/jo ... ll/nature23314.html




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发表于 2017-7-10 23:09:00 | 显示全部楼层
谢谢分享,非常棒!
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发表于 2017-7-10 23:11:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ming_BioEM 于 2017-7-10 23:13 编辑

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发表于 2017-7-10 23:17:09 | 显示全部楼层
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发表于 2017-7-10 23:23:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ming_BioEM 于 2017-7-10 23:25 编辑

为什么回复都显示不出来
是不是回复一个字符不能是输入的表情啊。。。
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发表于 2017-7-10 23:24:08 | 显示全部楼层
赞!想请教不知道GeRlion和现在的Relion2.0有哪些方面是不同?
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发表于 2017-7-11 00:28:42 | 显示全部楼层
Ming_BioEM 发表于 2017-7-10 23:24
赞!想请教不知道GeRlion和现在的Relion2.0有哪些方面是不同?

好问题。
不知道谁有做个这个方面的比较。
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 楼主| 发表于 2017-7-11 00:46:17 | 显示全部楼层
Zheng_Liu 发表于 2017-7-11 00:28
好问题。
不知道谁有做个这个方面的比较。

据我所知,GeRelion 是基于relion1.3 version, 在expectation - maximization步骤做了gpu加速。然后这个月的github 更新,添加了dynamic signal subtraction的功能。 所以,基本的原理是和relion1.3类似,但是运行速度会高于1.3 。
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